En 2029, grâce à des technologies avancées, des créatures hybrides dotées d'implants deviennent une partie importante de la population de la planète. Motoko Kusanagi et Batou, deux officiers du bureau de la sécurité nationale, reçoivent la mission d'éliminer Le Marionnettiste (The Puppet Master), un cybercriminel qui fait peser une menace terroriste.

